盒子
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文章目录
  1. code
  2. shell脚本基础

bash-map

这篇主要记录linux下写简单shell脚本调用bwa对fastq文件作mapping

code

输入两个或者三个参数,分别表示SE PE的情况,第一个参数是ref,可选为在reference所在目录下的已经建好Index的参考基因组,如Ecoli.fa Human.fa 等

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#!/bin/bash

if [ $# -lt 2 ];then
echo 'Wrong parameters.'
exit
fi

ref=$1
fq1=$2
fq2=$3

#bn=$(basename $fq1)
dn=$(dirname $fq1)
bn=${bn%%.*}
bam=$dn/$bn.bam
reference=/home/tigerrose/REF/BWA_REF/$ref

if [[ -e $fq2 ]]; then
# PE
p1=$dn/$bn.pipe
bn=$(basename $fq2)
dn=$(dirname $fq2)
bn=${bn%%.*}
p2=$dn/$bn.pipe
bam=$dn/${bn%_*}.bam

if [ ! -e ${p1} ];then mkfifo ${p1}; fi
if [ ! -e ${p2} ];then mkfifo ${p2}; fi

bwa aln -t 20 -l 25 $reference $fq1 > $p1 &
bwa aln -t 20 -l 25 $reference $fq2 > $p2 &
bwa sampe $reference $p1 $p2 $fq1 $fq2 | samtools view -bS - > $bam

rm $p1
rm $p2
else
# SE
bwa aln -t 20 -l 25 $reference $fq1 | bwa samse $reference - $fq1 | samtools view -bS - > $bam
fi

shell脚本基础

这个简单的脚本中用到了一些shell脚本的基础知识

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$#  # 参数的个数
-lt # 比较两个整数,小于的意思
$(dirname $var) # 获取地址var的目录地址
${var%%.*} # 将变量var按照.分割,并获取最左边的部分
-e $var # 出现在if 判断语句,表示存在这个文件var
mkfifo $var # 创建命名管道var
exe1 | exe2 - # 将exe1运行的结果通过管道传给exe2,其中-表示前面传入内容所在的位置